Coronavirus : Anatomie de la pandémie de Covid-19

 

Enquêter sur une épidémie n'est pas sans rappeler le travail d'un détective à la recherche d'un tueur. Il s'agit d'une course contre la montre vers la scène du crime avant que les preuves ne disparaissent ; les témoins sont interrogés - et les recherches commencent alors, pour retrouver et neutraliser le tueur avant qu'il ne frappe à nouveau.

Mais en dépit d'un effort international sans précédent, le coronavirus continue de progresser, tuant des milliers de personnes chaque jour. Six mois plus tard, qu'ont découvert les scientifiques en essayant de contenir le coronavirus ? Donner l'alerte

Il est essentiel de comprendre l'origine de tout virus afin de prévoir ses effets sur notre santé et la vitesse à laquelle il pourrait se propager. Mais, dès le début, le nouveau coronavirus a pris tout le monde par surprise. Alors qu'une grande partie du monde se préparait à accueillir la nouvelle année, le Dr Li Wenliang travaillait au service des urgences de l'hôpital central de Wuhan où sept patients, tous atteints de pneumonie - une infection des poumons - avaient été mis en quarantaine. Le 30 décembre, il a fait part à ses collègues dans un groupe privé WeChat de ses pires craintes - était-il témoin d'une nouvelle vague de Sars (syndrome respiratoire aigu sévère) ? Le Sars, un autre type de coronavirus, est apparu pour la première fois en Chine en 2003 et s'est répandu dans 26 pays, infectant plus de 8 000 personnes. Toutefois, ce que le Dr Li a identifié n'était pas une deuxième vague de Sars, mais la première vague du virus Covid-19 (Sars-Cov-2). Trois jours après avoir envoyé des SMS à ses pairs, les avertissant d'une possible épidémie, le Dr Li a été arrêté par la police, avec huit autres personnes, pour avoir "répandu des rumeurs", selon les médias chinois. Peu de temps après son retour au travail, le Dr Li a contracté le Covid-19. Il est décédé le 7 février, à l'âge de 34 ans, laissant derrière lui un fils et sa femme enceinte. Scène du crime Au cours des dernières semaines de décembre 2019, alors que de plus en plus de médecins et d'infirmières aux côtés du Dr Li commençaient à mettre en garde contre une possible épidémie virale, ce sont les professionnels de santé qui ont été les premiers à réaliser le lien - la majorité de leurs patients travaillaient au marché aux fruits de mer de Huanan. Situé dans la partie la plus récente de la ville, le marché aux fruits de mer de Huanan était un véritable tourbillon de petits étals, vendant de tout, de la volaille vivante au poisson, en passant par les reptiles et le gibier sauvage. Alors que de plus en plus de cas de ce virus mystérieux apparaissaient, le 31 décembre, la Commission de la santé de Wuhan a déposé son premier rapport officiel à Pékin. Le lendemain, le marché a été mis en quarantaine.

Aujourd'hui, les scientifiques sont unanimes à penser qu'une importante épidémie a eu lieu sur le marché aux fruits de mer, mais il semble désormais peu probable que ce soit l'endroit où le virus est apparu pour la première fois. Des échantillons prélevés sur des personnes et des animaux vivants au marché ont depuis été testés positifs à la Covid-19. Pourtant, selon des chercheurs de Wuhan, le premier cas humain de maladie à coronavirus a été découvert près de quatre semaines avant l'apparition de l'épidémie au marché : un homme âgé de Wuhan qui a développé des symptômes dès le 1er décembre 2019 et n'avait aucun lien probant avec le marché de fruits de mer de Huanan. En janvier dernier, alors que les professionnels de la santé de Wuhan commençaient à assister à une explosion du nombre de cas dans les hôpitaux de la ville, personne n'avait prédit la vitesse dévastatrice à laquelle le virus se propagerait, non seulement en Chine, mais aussi sur le continent asiatique. Neuf jours seulement après le premier décès signalé d'un patient atteint de la Covid-19, le 11 janvier, de nouveaux cas étaient déjà signalés au Japon, en Corée du Sud et en Thaïlande. C'est ainsi qu'a commencé la chasse au tueur, dans laquelle, malgré tous les progrès de la médecine et de la technologie dans le monde, nous avions toujours un coup de retard sur le virus... En six mois seulement, la Covid-19 s'est propagée dans 188 pays et a infecté plus de 6,6 millions de personnes en six mois. Le profil d'un tueur "Notre première question est toujours de savoir ce que c'est", déclare le professeur d'immunologie Kristian Andersen. Le laboratoire d'Andersen est spécialisé dans la génomique des maladies infectieuses. Il étudie comment les virus passent des animaux aux humains et provoquent des épidémies à grande échelle. Fin janvier, quelques heures après l'admission des premiers cas à l'hôpital, des prélèvements nasaux du virus mystérieux étaient analysés par les scientifiques de l'Institut de virologie de Wuhan. Ils recherchaient son génome - son code génétique complet - qui révélerait exactement ce qu'il est et comment il pourrait se propager. Les génomes sont essentiellement une longue chaîne de lettres - le génome humain, par exemple, est constitué de plus de trois milliards de lettres génétiques. Un virus de la grippe commun ressemble à 15 000 lettres, et codées dans cette chaîne sont toutes les instructions dont un virus pourrait avoir besoin pour se répliquer des millions de fois, entraînant la propagation de maladies et d'infections.

Il faut généralement des mois, voire des années, pour déchiffrer le génome d'un virus. Cependant, avec une rapidité exceptionnelle, le 10 janvier, les scientifiques de l'Institut de virologie de Wuhan - dirigé par le professeur Yong-Zhen Zhang - ont publié la première séquence génomique de Covid-19, la première pièce du puzzle, et sans doute la plus cruciale. "Dès que nous avons vu cette première séquence, nous avons su immédiatement qu'il s'agissait d'un type de coronavirus - et qu'il était identique à 80% au Sars", explique le professeur Andersen.

Les coronavirus sont une grande famille de virus, dont on sait que des centaines circulent parmi les animaux tels que les porcs, les chameaux, les chauves-souris et les chats. Le Covid-19 n'est que le septième coronavirus dont on pense qu'il soit passé d'un autre animal à un humain. "Notre deuxième question est de savoir comment le diagnostiquer - ce qui conduit à tester et à comprendre le mode de transmission du virus", explique le professeur Andersen.

"Et la troisième question est de savoir comment nous pouvons développer des vaccins contre ce virus ? La réponse à toutes ces questions peut être apportée en utilisant la génétique", ajoute-t-il. Le professeur Anderson affirme qu'il existe des preuves irréfutables que le virus provient d'une chauve-souris. "Cela a finalement commencé dans une chauve-souris. Nous savons qu'il s'agit d'un virus entièrement naturel, car il y a tellement de virus similaires chez les chauves-souris. Ce que nous ne savons pas, c'est comment il est arrivé dans la population humaine", explique-t-il. "" L'équipe d'Andersen a étudié un autre coronavirus trouvé chez une chauve-souris, qui était identique à 96% au Covid-19. Ils ont également constaté de fortes similitudes avec un autre virus de type corona trouvé chez les pangolins, l'un des mammifères les plus victimes de trafic en Asie. Le virus aurait-il pu passer d'une chauve-souris à un autre animal intermédiaire tel qu'un pangolin, où il a capté des protéines supplémentaires, avant de passer finalement à un humain ? Pour les scientifiques, l'enquête se poursuit. En Chine, deux jours seulement après avoir partagé la première séquence génétique de Covid-19 avec le reste du monde, le laboratoire du professeur Zhang a été fermé par les autorités locales et leur licence de recherche révoquée. Selon les médias chinois, aucune raison officielle n'a jamais été donnée - mais la contribution de l'équipe avait déjà fait effet. "Sans cette première séquence, nous n'aurions pu commencer aucun de ces travaux. C'est grâce à ces scientifiques qui nous ont fourni des inf...